Với mục tiêu tăng cường năng lực và uy tín nghiên cứu khoa học để tạo ra nhiều sản phẩm có chất lượng và tính ứng dụng cao đối với xã hội, trong nhiều năm qua, Trường Đại học Y tế công cộng luôn tiên phong trong việc triển khai một số nghiên cứu quy mô lớn về dịch tễ học, phòng chống chấn thương, phòng chống tác hại của thuốc lá, biến đổi khí hậu, sức khỏe sinh sản, hệ thống y tế và kinh tế y tế góp phần cung cấp bằng chứng khoa học cho công tác hoạch định chính sách y tế. Bên cạnh đó, việc công bố các kết quả nghiên cứu trên các tạp chí quốc tế có uy tín cũng là một trong những nhiệm vụ trọng tâm mà Nhà trường luôn ưu tiên và có nhiều chính sách khích lệ.Theo bảng xếp hạng VNUR năm 2026, Trường đứng thứ 54 toàn quốc, xếp thứ 5 trong số 11 trường đại học y, dược và tăng 11 bậc so với năm 2025. Trường Đại học Y tế công cộng xếp vị trí thứ 3 trong 6 trường đại học Y Dược công lập của Việt Nam vào Top 100 bảng xếp hạng Webometrics 2026.